我不太了解apm与npm是什么关系，不过npm可以安装atom插件就对了。
方法如下：
1.首先在电脑上安装nodejs,和git工具。atom的安装目录（windows）是 C:\Users\Administrator.atom\packages （mac 下：cd ~/.atom/packages）所以最好用命令工具进这个目录再安装。
2.在https://atom.io/packages 找到自己要安装的插件，进入插件详情页面，repo里会有github地址，比如我安装color-picker
3.在命令行里，git clone https://github.com/thomaslindstrom/color-picker.git
4.cd color-picker
5.npm install
6.重启atom
关于php的插件：atom-autocomplete-php
https://atom.io/packages/atom-autocomplete-php 上有说到，安装完了这个还得设置两个东西，不然会报错。
进插件设置：
command to use composer:
C:\ProgramData\ComposerSetup\bin\composer.phar
command php:
D:\server\php\php.exe (你的php安装目录)
